•     Il a fait très chaud au début de la semaine et dans les lieux près d'une mare ou d'un lac, les moustiques pullulaient. Une de mes filles étaient criblée de piqûres.
        Habitant dans un lieu relativement sec, et surtout au 5ème étage, les moustiques habituels n'ont pas la force de monter aussi haut, et même si j'arrose mon jardin sur le toit, je ne me fais jamais piquer.
        Alors, événement très particulier dans ma vie, pour la deuxième fois j’ai vu un moustique tigré, un « Aedes aegypti ». La première fois c’était en Bretagne Là c’est sur une des vitres de ma salle de séjour, mais à l'extérieur. Pas de pitié !. Je suis sorti et je l’ai écrasé aussitôt.


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      Comme son nom l'indique l'Aides Aegypti est originaire d'Afrique, mais on le trouve maintenant dans les régions tropicales à travers le monde, et on en voit de plus en plus en Europe, dans les régions tempérées comme le sud de la France ou la Bretagne.
        Je ne crois pas que ce soit une conséquence du réchauffement climatique, mais plutôt des transports aériens (en région parisienne j’habite non loin de l’aéroport d’Orly).
        Les moustiques aiment voyager avec les pneus, chauds, humides et stockés à l'extérieur, comme ceux des avions ou des camions, mais il peut être venu avec n'importe quel container de marchandises, voire dans un bagage.
        Ce petit moustique (il ne mesure q’un peu plus du cm), est considéré comme l’un des plus importants vecteurs de maladies, notamment la dengue et la fièvre jaune, mais aussi le paludisme et le chikungunya. Et il arrive à évoluer pour résister aux insecticides nouveaux.
        On pense qu’à l’origine leur ancêtre commun il y a 250 millions d’années était une mouche drosophile, puis que les moustiques sont apparus et que l’anophèle (autre vecteur du paludisme) et l’aedes se sont différenciés il y a environ 150 millions d’années.
        Les femelles pondent des œufs dans les lieux humides, qui éclosent en un jour, et les larves ont une vie d’une dizaine de jours avant de devenir moustiques, qui eux mêmes vivent de l’ordre de 3 semaines dans la nature (en les soignant bien en laboratoire, pour les étudier,, on arrive à en conserver 3 mois !!).
        Seule la femelle pique mais elle ne transmet des maladies que si elle a piqué auparavant une personne atteinte de cette maladie. La probabilité pour qu’elle transmette en France une maladie est donc faible, ce qui n’est pas le cas en un lieu où se propage une épidémie et où les malades infectés ont nombreux.

        Moustique est un nom français; les canadiens les appellent des maringouins et le nom savant de leur famille d’insectes diptère est « culucidae ». Ils n’ont qu’une paire d’ailes longues étroites et membraneuses, qu’ils replient au repos
        Les adultes mâles et femelles se nourrissant de nectar de fleurs, ils participent à la pollinisation des plantes, au même titre que les papillons. Ils boivent également de l’eau. Les larves des moustiques en général représentent une partie de la biomasse et un apport de nourriture important pour des animaux divers (batraciens, lézards, oiseaux…)
        La fécondation d’une moustique n’a lieu qu’une fois dans sa vie. La plupart des femelles ont alors besoin de repas sanguins pour le développement des œufs.

        Quelques mots sur le chikungunya dont on entend parler à nouveau à la télé.
        Le chikungunya est courant aux Antilles et en Guyaner. 
        Aucun cas lié à la piqûre d'un moustique sur le territoire métropolitain, n'a été relevé. mais il peut y avoir des cas «importés» de personnes contaminées lors d'un voyage à l'étranger ou outremer. Ces cas doivent être signalés aux autorités sanitaires car le malade peut, involontairement, contaminer un moustique «métropolitain» qui le piquerait, lequel insecte deviendrait à son tour vecteur du virus.
        Cette maladie est due à un arbovirus (c’est aussi le cas pour la dengue et la fièvre jaune). Le mot arbovirus est une contraction de l'expression anglaise « arthropod-borne viroses", c’est à dire qu’il est transmis par des arthropodes suceurs de sang : tiques, moustiques… Ce n’est donc pas une classification quant à leur structure biologique.
        En langue Makondée, chikungunya signifie « qui marche courbé en avant », et évoque la posture adoptée par les malades en raison des intenses douleurs articulaires.
        L’infection entraine en effet, après un délai d’incubation de 2 à 10 jours, des atteintes articulaires, souvent très invalidantes, concernant principalement les poignets, doigts, chevilles, pieds, les genoux et plus rarement les hanches ou les épaules.
        On constate fréquemment des maux de tête, accompagnés de fièvre, des douleurs musculaires importantes, une éruption cutanée au niveau du tronc et des membres, une inflammation d’un ou plusieurs ganglion(s) lymphatiques cervicaux ou encore une conjonctivite et parfois des saignements des gencives ou du nez.
        Habituellement, la guérison est assez rapide avec la disparition en quelques jours de la fièvre et des manifestations cutanées mais les signes articulaires peuvent durer plusieurs semaines. Il ne semble pas que l’infection par le virus Chikungunya soit la cause directe du nombre limité de cas mortels qui ont été décrits lors des épidémies.
        Les traitements sont à base d’anti-douleurs et anti-inflammatoires. Ces traitements n’ont aucun effet préventif sur la survenue d’une évolution chronique. Une corticothérapie peut s’avérer nécessaire dans les formes sévères d’évolution subaiguë ou chronique. Il existe un médicament, la sulfasalazine, qui est disponible dans le commerce et qui peut être utilisé pour lutter contre les douleurs causées par la maladie
         La prévention de cette infection est à la fois collective et individuelle, reposant sur la lutte anti-moustiques et notamment sur la suppression de l’eau stagnante et l’usage (avec précaution) d’insecticides.
        Il est possible qu’existe un jour un vaccin, car les progrès des connaissances en ADN permettent de l’envisager.

        Mais pour vous reposer de ces considérations sinistres, je vous montre ci-dessous un autre aspect du chikungunya, : c'est le nom de la souris que m'a offerte, il y a une quinzaine d'années, une de mes petites filles pour Noël, et qui est toujours sur mon bureau, en train de jouer avec celle de mon mac ! Ellelle adore lire mes articles; elle corrige mes fautes d'orthographe et me donne des conseils sur la présentation.
       Que pensez vous de ma petite souris en peluche "Chicungunya" ?


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  • Revenons aux antibiotiques.
        Comment agissent ils sur les bactéries ?

        Les antibiotiques réduisent ou empêchent la réplication et la multiplication des bactéries, voire les détruisent.  Les lieux d’action sont essentiellement la paroi et le cytoplasme, et il y a 5 modes principaux d’action.

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         1) - Inhibition de la synthèse du peptidoglycane
        Nous l’avons vu hier, les parois épaisses sont surtout constituées de peptidoglycane. Cette molécule est synthétisée à partir des informations de l’ARN messager dans les ribosomes.
        Des antibiotiques tels que le chloramphénicol ou les tétracyclines, s’attachent à l’un des codons (suite de 3 ou 4 bases de l'ADN ou l'ARN, support de l'hérédité), de l’ARN et empêchent ainsi cette synthèse.
        D’autres antibiotiques se combinent avec des intermédiaires chimiques de la synthèse ou agissent sur les enzymes qui interviennent dans cette synthèse.
        La bactérie, privée de parois, meurt.


        2) - Altération de la paroi
        Les polymyxines détruisent la membrane cytoplasmique qui entoure le cytoplasme, qui a une structure de graisse, comme le ferait un détergent. La paroi devient alors perméable et les composés cellulaires la traversent, d’où la mort de la bactérie

        3) - Action sur la synthèse de protéines essentielles à la bactérie
        Le mécanisme est analogue à celui décrit en 1, mais intervient sur d’autres protéines que le peptidoglycane.

        4) - Action sur la synthèse des acides nucléiques
        Les quinolones et la rifamycine agissent en provoquant des coupures dans les molécules d’ADN ou d'ARN et introduisent ainsi des erreurs dans la réplication, qui entraînent la mort de la bactérie fille.

        5) - Action sur le métabolisme.
        L’antibiotique agit dans le cytoplasme sur la synthèse de molécules indispensables à la vie de la bactérie.

        L’acquisition de la résistance d’une bactérie aux antibiotiques est un phénomène de modification génétique par modification ou acquisition de gènes différents. Le plus souvent ce n’est pas leur ADN cytoplasmique qui est modifié, mais celui contenu dans les plasmides, et les bactéries peuvent même échanger leurs ADN, conférant à d’autres cette résistance.

        On recense quatre principaux mécanismes :

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        1) - Imperméabilité à l’entrée de l’antibiotique :

         Nous avons vu que dans les bactéries à gram négatif, ayant une paroi fine, il existait des « porines », canaux aqueux ou hydrophiles constitués de trois molécules de protéines, qui laissent diffuser diverses molécules de faible masse moléculaire comme des substrats ou encore des antibiotiques. Le dysfonctionnement ou la perte de l'une d’entre elles peut entraîner une imperméabilité et donc une résistance à l’antibiotique qui ne peut plus pénétrer dans la bactérie.


    http://lancien.cowblog.fr/images/SanteBiologie-1/antibio1.jpg
        2) - Extrusion de l’antibiotique hors de la bactérie
        L’antibiotique est renvoyé à l’extérieur au travers de la porine ou des analogues spécifiques et ne pourra plus atteindre sa cible.
        C’est une sorte de « pompage » hors de la bactérie,sorte de défense naturelle pour préserver le milieu cytoplasmique.
        La pompe est une grosse protéine, localisée dans l’épaisseur de la membrane cytoplasmique assurant la reconnaissance, le fixation et le,transport de substrats proches par leur structure et qui comporte 4, 12 ou 14 segments peptidiques hydrophobes transmembranaires reliés entre eux par des boucles hydrophiles extramembranaires.

         
    http://lancien.cowblog.fr/images/SanteBiologie-1/ntibio2.jpg    3) - Inactivation de l’antibiotique
         La bactérie sécrète des enzymes qui empêchent l’antibiotique d’agir en le modifiant.
        Une fraction importante des antibiotiques connus sont en effet des composés naturels produits par des micro-organismes.
        La sécrétion d'antibiotiques (contre laquelle la bactérie doit donc résister) est même une stratégie développée par certaines bactéries pour éliminer leurs compétitrices de leur environnement. Ces bactéries productrices d'antibiotiques ont développé plusieurs enzymes leur permettant de résister à la molécule qu'elles produisent, afin de ne pas en être elles-mêmes les victimes : ces micro-organismes fabriquent en même temps le poison et l'antidote. Par transfert entre bactéries, les gènes codant ces enzymes de résistance peuvent se propager et transmettre la capacité de résistance à d'autres espèces, ce qui est observé dans l'environnement.

        4) - Modification génétique qui change la cible de l’antibiotique
        Chaque antibiotique agit en se fixant sur une cible précise dans la cellule : paroi, ribosome, cytoplasme… La présence d'une modification consécutive à une mutation modifie le site de fixation et empêche ainsi la liaison de l'antibiotique.
        L’action peut aussi se faire par une voie non génétique : une enzyme spécifique effectue une modification chimique de la cible, par exemple une méthylation, ce qui inhibe la fixation de l'antibiotique, comme dans le cas précédent, mais sans qu'il y ait altération du génome.

      L’utilisation irraisonnée des antibiotiques a conduit des bactéries de plus en plus résistantes. 

       La France est le pays européen où la prescription d’antibiotiques est la plus importante.
       Il est essentiel de bien prescrire les antibiotiques pour éviter l’augmentation de la résistance : antibiotiques adaptés, (pas d’antibiotiques pour des maladies virales), posologie adéquate, délivrance de médicaments correspondant à la durée prescrite, pas d’automédication.

       Mais par ailleurs l’utilisation des antibiotiques à des fins autres que les soins médicaux devrait être interdite. A force de donner des antibiotiques à des animaux d’élevage pour les faire s’engraisser plus vite, on favorise la création de la résistance des bactéries.
       Quatre-vingts gènes de bactéries résistants aux antibiotiques ont été identifiés dans des échantillons de litière contenant des déjections de vaches. Ces résistances pourraient être transmises par des produits agricoles, notamment les légumes verts comme les salades ou les épinards. Certains de ces nouveaux gènes sont aussi présents dans la bactérie Escherichia coli, qui fait partie de la flore intestinale régulièrement mise en cause lors de graves intoxications alimentaires.
       Le fumier présente un réel danger pour l'homme, et mieux vaudrait par précaution limiter son utilisation. Selon l'état des fumiers, cet amendement représente plus de risques sanitaires qu'un engrais minéral stabilisé, utilisé en petite quantité. La filière bio, qui utilise souvent des amendements organiques, ne serait donc pas exempte d’inconvénients.

     

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    Résistance des bactéries aux antibiotiques (1) : les bactéries.

        Maintenant que nous savons un minimum sur les cellules, nous allons voir comment sont faites des cellules vivantes particulières : les bactéries (je rappelle que les virus ne sont pas des êtres vivants et sont donc très différents).
        C’est un monde immense : on connait environ 8000 espèces de bactéries, mais il y en a beaucoup plus. Elles présentent de nombreuses formes principalement : sphériques (coques), allongées ou en bâtonnets (bacilles), et des formes plus ou moins spiralées.
        Je vais vous donner ci dessous quelques définitions et explications qui sont nécessaires pour comprendre la résistance aux antibiotiques, en me servant du schéma ci dessous.

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                La capsule :

        Toutes les bactéries n’ont pas une capsule, qui est une structure extérieure entourant la bactérie. Sa constitution est le plus souvent polysaccharidique, parfois protéique. (les polysaccharides sont des polymères du glucose; dans la langue courante on les appelle glucides ou sucres, mais la plupart n’ont pas de pouvoir sucrant; les protéines sont de grosses molécules, assemblages d’acides aminés, dont la synthèse est commandée par l’ARN qui provient de l’ADN).
        Pour la mettre en évidence au microscope, on réalise une suspension des bactéries dans de l'encre de chine et on observe la capsule sous forme d'un halo clair et réfringent.
        C'est un facteur de virulence car elle protège la bactérie de la phagocytose (la destruction par les globules blancs).

                La paroi :

        Elle est présente chez toutes les espèces bactériennes à l'exception des mycoplasmes (des microorganismes intermédiaires entre virus et bactéries et responsables de certaines infections chez les végétaux et animaux, voire chez l’homme).
        Elle entoure la bactérie et constitue la structure constante la plus externe. Elle détermine la forme de la bactérie, la protège (une bactérie qui n'a plus de paroi meurt), et est un passage obligé pour les échanges avec le milieu extérieur,

        On rencontre deux types de paroi :
            - les parois épaisses et denses, qui sont faites presque uniquement de mucopeptide (muréine ou peptidoglycane). C’est une structure chimique complexe formée de chaines de deux polysaccharides (NAG et NAM sur le schéma) reliés entre eux par des ponts peptidiques formés par divers acides aminés.
            -  les parois fines et lâches qui ont une structure plus complexe constituée d'une fine couche de mucopeptide, à structure plus lâche que celui des parois épaisses, recouverte à l'extérieur d’une membrane externe.
        Cette membranes est faite de lipides (des graisses phospholipides liées à des composés de l’acide phosphorique et lipopolysaccharides, liées à des glucides) organisés en deux couches hydrophiles séparées par une couche hydrophobe. Dans l'épaisseur de cette membrane sont enchâssées des protéines, les « porines », qui permettent le passage de petites molécules telles que notamment les antibiotiques.
        Un test de coloration dit « test de Gram », permet de reconnaître les bactéries à paroi épaisse (Gram +) de celles à paroi fine et membrane (Gram -).

                    La membrane cytoplasmique :

        La membrane cytoplasmique entoure le cytoplasme, et a une structure lipidoprotidique.
        Les molécules qui la constituent sont mobiles et "flottent" dans son épaisseur lui donnant une grande plasticité. Parmi les diverses protéines, certaines sont constitutives, d'autres ont un rôle de transport permettant le passage de diverses molécules ou ions (Na, K, Cl, sucres, aminoacides ou oligopeptides). Elle contrôle donc les entrées et sorties de la cellule.
        La membrane cytoplasmique des bactéries contient en outre de nombreux enzymes assurant les synthèses et fournissant l'énergie nécessaire au métabolisme. La membrane assure les fonctions des mitochondries, (récupérer l’énergie de molécules organiques, en les transformant en ATP - adénosine triphosphate), qui n'existent pas chez les bactéries.
       Le mesosome est une espèce de hernie de la membrane cytoplasmique. Il est prouvé aujourd'hui, que c'est un artefact provoqué par la préparation d'observation des bactéries et il n'a pas d'utilité biologique.
       
                   Le cytoplasme

        Les cellules procaryotes comme les bactéries, ne possèdent pas de noyau mais possèdent du matériel nucléaire sous forme d'un chromosome unique, circulaire, d'une longueur voisine de 1 mm. Ce chromosome contient l’ADN spécifique de la bactérie.

                  Les spores :

    Si on place les bactéries dans des conditions défavorables de survie, pour certaines d'entre elles (il y a formation de spores (sporulation). Si on place des spores dans des conditions favorables, elles retournent à l'état de bactéries végétatives (germination).
        La spore contient, sous forme condensée, le génome et une partie du cytoplasme déshydraté dans une enveloppe très résistante.

                  Les plasmides :

        Les plasmides sont de petits éléments circulaires constituant du matériel génétique extra-chromosomique. Ils sont faits d'ADN et portent, comme le chromosome, des informations génétiques. Ils sont autonomes et capables de se répliquer indépendamment du chromosome. Ils codent pour la synthèse de différentes protéines enzymatiques conférant ainsi à la bactérie qui les possède des caractères particuliers tels que possibilité d'utiliser tel ou tel substrat ou une résistance à certains antibiotiques
        Ces plasmides sont transmissibles à d'autres bactéries.

                 Les pili :

        Les pili (poils) sont des formations qu'on ne peut observer qu'au microscope électronique. Certains, courts et cassants sont utiles pour l'adhésion des bactéries aux interfaces et particulièrement aux muqueuses et sont donc des facteurs de virulence . Ils ont une structure protéique.
        Les pili sexuels, plus longs, relient deux bactéries et constituent des voies d'échanges de matériel génétique entre les bactéries. Les bactéries capables de produire des pili sexuels sont dénommées bactéries "mâles" à l'opposé des autres qui sont dites « femelles".

                Les flagelles :

        Les flagelles sont des cils rigides ondulés qui sont issus de la membrane cytoplasmique et permettent la mobilité des bactéries : seules les espèces qui en sont pourvues sont mobiles.


    Nous avons maintenant des notions sur la structure des cellules humaines et des bactéries, et nous allons pouvoir reparler antibiotiques et résistance des bactéries.

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    Résistance des bactéries aux antibiotiques (1) : les cellules vivantes.


          J'ai déjà fait le 30/7/2019 un article sur les bactéries, mais un correspondant me dit que je n'ai pas été clair et que je devrais également expliquer la résistance aux antibiotiques.
         C'est effectivement un  problème important et préoccupant.

        Il est exact que les antibiotiques sont aujourd'hui victimes de leur succès : leur large utilisation depuis les années 1960-1970 a permis aux bactéries d'apprendre à s'en défendre.
        Il y a 30 ans cette résistance n’était pas trop gênante, car elle ne concernait que quelques germes, et il suffisait de les soumettre à un autre antibiotique pour les éliminer.
        Mais certains germes, plus nombreux, ont cependant réussi à acquérir une résistance à de nombreux antibiotiques, obligeant les médecins à puiser de plus en plus souvent dans les antibiotiques à utiliser en dernier recours contre les bactéries les plus récalcitrantes, avec un risque accru de favoriser l'apparition de bactéries résistantes à tous les antibiotiques, contre lesquelles aucun antibiotique connu ne pourrait plus être utilisé.
        Les bactéries multirésistantes se sont d'abord développées en milieu hospitalier, plus favorable à l'apparition de résistances, car il représente la moitié de la consommation des antibiotiques et la promiscuité relative entre sujets infectés, les mêmes soignants, accroit la diffusion pour ces bactéries et leurs résistances
        La recherche doit donc être relancée pour mettre au point de nouvelles classes d'antibiotiques, car les grandes entreprises pharmaceutiques se sont largement détachées de ce domaine, trop peu rentable. En effet les maladies infectieuses se déclenchent de manière aléatoire, rendant impossible toute prévision sur les marchés potentiels, et leur traitement est de courte durée : elles ne sont pas une source de profit suffisante, en comparaison avec les maladies chroniques, qui représentent un marché énorme lié au vieillissement des populations dans les pays développés. Et les entreprises pharmaceutiques font passer leurs intérêts financiers avant ceux des malades.
         
        Pour comprendre comment la résistance s’instaure, il faut d’abord examiner comment les antibiotiques détruisent les bactéries.
        Mais pour cela il faut déjà comprendre un peu comment fonctionnent les cellules humaines et celles constituant les bactéries. Ce sera l’objet de l’article d’aujourd’hui et de demain, puis je reparlerai des antibiotiques après demain.

        Les renseignements sont extraits d’un cours de médecine de la faculté de Montpellier et d’un cours d’Anne Decoster, que j’ai beaucoup simplifiés.

        Notre corps est composé de cellules, qui sont les unités de base de sa structure.
        Nous avons de l’ordre de 1014 cellules dans le corps humain plus environ 1015 bactéries non pathogènes, essentiellement dans le système gastro-intestinal.
        Chaque cellule est une entité vivante, qui fonctionne de manière autonome (du moins dans les organismes multicellulaires), mais est coordonnée avec la vie des autres cellules.
    http://lancien.cowblog.fr/images/SanteBiologie-1/orgcell.jpg    Tous les êtres vivants sont composés de cellules dont la structure fondamentale est commune ainsi que l’équilibre du milieu intérieur de composition physico-chimique, régulé et propice au développement des cellules de l'espèce considérée par rapport au milieu extérieur. On appelle cette régulation automatique           « l’homéostasie ».
        La cellule nait, vit, se reproduit et meurt, comme tout être vivant. Pour vivre, elle consomme de l’énergie et de la matière chimique.
        Les cellules se différencient en de nombreux types et celles d’un même type se rassemblent sous forme de tissus.Nos organes sont formés à partir de divers tissus.

    http://lancien.cowblog.fr/images/SanteBiologie-1/cellhumaine.jpg
     
        Une cellule est toujours délimitée par une membrane cellulaire, (« plasmique »), qui sépare un milieu intracellulaire, le « cytoplasme », dont la composition est différente du milieu externe. La membrane assure les échanges entre les milieux intérieur et extérieur, tout en maintenant une différence entre eux («homéostasie »). La différence de composition disparait à la mort de la cellule.
        Chaque cellule possède un noyau (plus ou moins apparent), qui dirige les fonctions du cytoplasme et de la membrane et l’on distingue deux genres de cellules :
            - Les « Eucaryotes » possèdent des cellules dont le cytoplasme contient un noyau limité par une enveloppe - la membrane nucléaire - qui contient l’ADN, qui est le support matériel de l'information génétique. Ces filaments apparaissent sous la forme de chromosomes bien visibles lorsqu'ils se condensent au moment de la reproduction (division cellulaire appelée « mitose »). Cependant, la plupart du temps, ils apparaissent comme une masse plus ou moins homogène.
            - Les « Procaryotes » regroupent le monde immense des bactéries. Ce sont des cellules qui n'ont pas d'enveloppe nucléaire et donc pas de noyau distinct. Leur matériel génétique flotte dans le cytoplasme.

        Toutes les cellules ne se reproduisent pas (par exemple les neurones). Mais tous les êtres vivants pluricellulaires possèdent des cellules souches, qui sont à l’origine de tous les tissus. 
   
        Une cellule souche est une cellule qui reste capable de se diviser tout au long de la vie, assurant le renouvellement cellulaire des tissus. La division d’une cellule souche produit une nouvelle cellule souche (cellule de « réserve ») et une cellule s’engageant dans un processus de différenciation, qui la conduira à remplir une fonction précise dans un tissu et un organe.
        Le schéma ci dessous donne les étapes de la mitose, sur lequel on voit la division de chromosome.
        Au niveau microscopique, il y a duplication de brins d’ADN


    http://lancien.cowblog.fr/images/SanteBiologie-1/schemamitose.jpghttp://lancien.cowblog.fr/images/SanteBiologie-1/photomitose.jpg



       Maintenant que nous avons ces connaissances élémentaires sur les cellules, nous pourrons parler demain de bactéries

     
     

     

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  • Les nouveaux variants du coronavirus19

              Une nouvelle vague du covid19 est en cours, avec de nouveaux variants dénommés BA4 et BA5. D'où sortent ces nouveaux noms et quelles sont les propriétés de ces nouveaux mutants.?

            Avant de traiter ce sujet, je pense utile de faire quelques rappels. Ce sont des notions que j'ai citées dans mes anciens articles sur le covid ou sur l'ADN, mais vous ne les avez pas forcément retenues et elles sont nécessaires pour la compréhension de la suite de l''article.

    ADN et ARN; codon; mutations

            L'hérédité de nos cellules est supportée par notre ADN, énorme molécule qui a la forme d'un escalier en spirale, les montants étant constitués par des sucres phosphorés, et les barreaux par deux "bases puriques", choisies dans un groupe de quatre, que nous appellerons uniquement par les lettres C, G, T, A, et dans ces barreaux, on trouve toujours face à face C,G et T,A.
            C'est la succession de ces bases qui code notre hérédité et le rôle de nos cellules.

           Dans nos cellules, l'ADN va reproduire des séquences qui seront libérées et seront appelées "ARN messager" (ARNm). Ces ARNm sont constitués d'une succession de plusieurs dizaines à plusieurs centaines de bases et vont migrer dans la cellule et "s'exprimer" en dirigeant la synthèse  d'un ou plusieurs des 26 acides aminés, lesquels vont permettre la synthèse des protéines nécessaires à la vie des cellules.
         Une différence entre ADN et ARN, la base T (thymine) est remplacée par la base U (uracile) dans les ARN.

         Le support génétique du coronavirus n'est pas un ADN, mais un ARN; Comme pour nos cellules ce sont des morceaux de cet ARN qui seront à l'origine de la synthèse d'acides aminés et ceux-ci donneront ensuite des protéines spécifiques du virus.

         Un codon est une séquence de trois bases sur un ARNm, spécifiant l'un des vingt-deux acides aminés dont la succession sur l'ARN messager détermine la structure d'une protéine à synthétiser.(voir le tableau en fin d'article.)

         Dans le coronavirus, de petites excroissances lui permettent de se fixer sur les cellules de notre système respiratoire et d'y pénétrer pour s'y reproduire et multiplier.
    Ces excroissances sont constituées par une protéine complexe appelée "spike". Cette protéine se fixe sur des récepteurs de nos cellules du système respiratoire, notamment l'un d'eux appelé ACE2.

         Des mutants des coronavirus existants à un moment donné, apparaissent. Ces mutations correspondent à des substitutions de codons, qui donc engendrent une synthèse différente des acides aminés et protéines.
         Les mutation sont codées par une lettre, un nombre, une lettre. La première lettre représente l'acide aminé qui était codé avant la mutation, le nombre l'emplacement de la mutation sue l'ARN et la seconde lettre l'acide aminé codé après la mutation.
         Par exemple la mutation L452R, se fait sur le codon qui débute à la 452ème base purique de l'ARN du Corona, et au lieu de synthétiser la leucine L, ce sera l'arginine R qui sera synthétisée.
        Cette mutation L452R de la protéine Spike est connue pour conférer une plus grande affinité avec le récepteur humain ACE2, utilisé par le virus pour pénétrer dans nos cellules et donc le virus mutant est plus contagieux. Une autre mutation D614G a des effets analogues. (D = aspartic; G = glycine).
       La mutation F486V, toujours dans la protéine Spike, confère une assez grande capacité d'évasion immunitaire au virus (les vaccins sont moins efficaces).

    Classification des coronavirus.
         
         Jusqu'à présent une nomenclature était utilisée , classant les virus dans l'ordre d'apparition dans des zones géographiques données, en utilisant une lettre grecque pour chaque famille de virus. Nous avons eu droit aux variants alpha, (Angleterre); bêta, (Afrique du Sud); gamma, (Brésil); delta (Inde), et depuis l'an dernier omicron.
         Cette nomenclature simpliste ne tient compte que de façon très générale de la structure de l'ARN du virus. Depuis 2021, des nomenclatures plus précises sont apparues. L'une des plus usitée est la nomenclature "pangolin", accompagnée de logiciels permettant de classer les virus.
        Ce n'est pas facile de faire une telle nomenclature. Compte tenu de toutes les mutations dans la séquence génétique du covid19, il existe déjà des milliers de variants et essayer de nommer tous les variants nécessiterait une énorme banque de données, ne mettant pas en lumière ce qui est important et de ce qui ne l’est pas.
       Le système Pangolin est très complexe et dépasse mes compétences. Il tient compte de la structure génétique de l'ARN du virus, en créant des "lignées" et des sous-lignées lorsque des mutations ayant des conséquences importantes apparaissent.
    A l'origine deux lignées A et B. Il pourra apparaître des lignées C,D... dans l'avenir.
    On a vu apparaître des sous lignées (B1,B2,B3, B4, B5 ..) et des variants de celles-ci : B1, puis B1.1, B1.1.1 etc... On peut aussi avoir des mélanges BA1, BA2...

     Les variants qui sévissent actuellement.

          On peut considérer que ce sont toujours des omicrons. 
          Dans la classification Pango,  en France, la première vague Omicron a été causée par une lignée BA1, puis de septembre 2021 à mars 2022 les virus ont été des BA2. En décembre 2021 deux nouvelles lignées sont apparues BA4 et BA5, qui ont été détectées en France en mai et sont maintenant devenues majoritaires. Le BA5 va prendre le pas.
           Ces deux variants possèdent la mutation , qui facilite la contamination L452R (mais elle était déjà présente dans le variant delta, mais absente des BA1 et BA2), et fait nouveau, la mutation F486V qui favorise l'évasion à l'immunité. Ces variants sont donc nettement plus contagieux que BA1 et BA2, bien que peu différents au plan génétique.
          On peut penser que ces mutation se produisent par hasard, mais que leur probabilité est d'autant plus grande que le virus se réplique, donc qu'il circule. Donc à chaque vague, la probabilité de mutation et de nouveaux variants augmente.

         Nous sommes face à une nouvelle vague, puisque le nombre de contaminations oscille actuellement entre 100 000 et 200 000 par jour.
         Certes on peut dire qu'une des raisons est la contagiosité du virus et le "vieillissement" de nos vaccinations.
        Mais je pense que le relâchement de la population y est aussi pour beaucoup.
        Quand le gouvernement a levé les contraintes, pendant un mois les trois quart des personnes, dans les magasins ou les transports autour de chez moi, gardaient le masque. Puis l'habitude a disparu et actuellement moins de 10% des personnes gardent le masque en espace clos.
        Alors que le virus circule énormément, c'est prendre un risque inutile, car il suffit de quelques personnes qui ont le covid, sont asymptomatiques ou ne le savent pas encore, mais elles sont contagieuses et, dans un espace fermé, elle envoient dans l'air des aérosols contaminés qui stagnent.
        Avoir un masque en arrête une grande partie, et la dose que vous risquez de recevoir est très faible, et, si vous êtes vacciné, le virus sera probablement éliminé ou vous n'aurez qu'une réaction mineure.
        Avec les variants BA4 et surtout BA5 très contaminants, le relâchement complet de la population vis à vis des gestes barrière, entraine une vague importante de contamination.
       Je ne comprends pas que le gouvernement n'ait pas imposé à nouveau le masque dans les transports et les lieux clos où il y a beaucoup de monde.

       Enfin, pour terminer par quelque chose de plus amusant une petite histoire personnelle.    
       Une de mes petites filles et son mari, ne se sentant pas très bien ont fait un test, qui s'est avéré positif. 

    Ils se demandaient lequel des deux avait attrapé le virus et avait contaminé l'autre.
       Le hasard les a mis d'accord : l'un avait le virus BA4 et l'autre le BA5. Chacun avait attrapé le virus, sur son lieu de travail ou dans les transports.!

    La liste des acides aminés, les lettres les représentant et les codons qui régissent leurs synthèse;.

    STOP n'est pas un acide aminé; c'est un codon qui stoppe la lecture d'une séquence d'ADN ou d'ARN, lors de l'expression d'un gène ou d'un morceau d'ARNm.

    Les nouveaux variants du coronavirus19

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