Une nouvelle vague du covid19 est en cours, avec de nouveaux variants dénommés BA4 et BA5. D'où sortent ces nouveaux noms et quelles sont les propriétés de ces nouveaux mutants.?

        Avant de traiter ce sujet, je pense utile de faire quelques rappels. Ce sont des notions que j'ai citées dans mes anciens articles sur le covid ou sur l'ADN, mais vous ne les avez pas forcément retenues et elles sont nécessaires pour la compréhension de la suite de l''article.

ADN et ARN; codon; mutations

        L'hérédité de nos cellules est supportée par notre ADN, énorme molécule qui a la forme d'un escalier en spirale, les montants étant constitués par des sucres phosphorés, et les barreaux par deux "bases puriques", choisies dans un groupe de quatre, que nous appellerons uniquement par les lettres C, G, T, A, et dans ces barreaux, on trouve toujours face à face C,G et T,A.
        C'est la succession de ces bases qui code notre hérédité et le rôle de nos cellules.

       Dans nos cellules, l'ADN va reproduire des séquences qui seront libérées et seront appelées "ARN messager" (ARNm). Ces ARNm sont constitués d'une succession de plusieurs dizaines à plusieurs centaines de bases et vont migrer dans la cellule et "s'exprimer" en dirigeant la synthèse  d'un ou plusieurs des 26 acides aminés, lesquels vont permettre la synthèse des protéines nécessaires à la vie des cellules.
     Une différence entre ADN et ARN, la base T (thymine) est remplacée par la base U (uracile) dans les ARN.

     Le support génétique du coronavirus n'est pas un ADN, mais un ARN; Comme pour nos cellules ce sont des morceaux de cet ARN qui seront à l'origine de la synthèse d'acides aminés et ceux-ci donneront ensuite des protéines spécifiques du virus.

     Un codon est une séquence de trois bases sur un ARNm, spécifiant l'un des vingt-deux acides aminés dont la succession sur l'ARN messager détermine la structure d'une protéine à synthétiser.(voir le tableau en fin d'article.)

     Dans le coronavirus, de petites excroissances lui permettent de se fixer sur les cellules de notre système respiratoire et d'y pénétrer pour s'y reproduire et multiplier.
Ces excroissances sont constituées par une protéine complexe appelée "spike". Cette protéine se fixe sur des récepteurs de nos cellules du système respiratoire, notamment l'un d'eux appelé ACE2.

     Des mutants des coronavirus existants à un moment donné, apparaissent. Ces mutations correspondent à des substitutions de codons, qui donc engendrent une synthèse différente des acides aminés et protéines.
     Les mutation sont codées par une lettre, un nombre, une lettre. La première lettre représente l'acide aminé qui était codé avant la mutation, le nombre l'emplacement de la mutation sue l'ARN et la seconde lettre l'acide aminé codé après la mutation.
     Par exemple la mutation L452R, se fait sur le codon qui débute à la 452ème base purique de l'ARN du Corona, et au lieu de synthétiser la leucine L, ce sera l'arginine R qui sera synthétisée.
    Cette mutation L452R de la protéine Spike est connue pour conférer une plus grande affinité avec le récepteur humain ACE2, utilisé par le virus pour pénétrer dans nos cellules et donc le virus mutant est plus contagieux. Une autre mutation D614G a des effets analogues. (D = aspartic; G = glycine).
   La mutation F486V, toujours dans la protéine Spike, confère une assez grande capacité d'évasion immunitaire au virus (les vaccins sont moins efficaces).

Classification des coronavirus.
     
     Jusqu'à présent une nomenclature était utilisée , classant les virus dans l'ordre d'apparition dans des zones géographiques données, en utilisant une lettre grecque pour chaque famille de virus. Nous avons eu droit aux variants alpha, (Angleterre); bêta, (Afrique du Sud); gamma, (Brésil); delta (Inde), et depuis l'an dernier omicron.
     Cette nomenclature simpliste ne tient compte que de façon très générale de la structure de l'ARN du virus. Depuis 2021, des nomenclatures plus précises sont apparues. L'une des plus usitée est la nomenclature "pangolin", accompagnée de logiciels permettant de classer les virus.
    Ce n'est pas facile de faire une telle nomenclature. Compte tenu de toutes les mutations dans la séquence génétique du covid19, il existe déjà des milliers de variants et essayer de nommer tous les variants nécessiterait une énorme banque de données, ne mettant pas en lumière ce qui est important et de ce qui ne l’est pas.
   Le système Pangolin est très complexe et dépasse mes compétences. Il tient compte de la structure génétique de l'ARN du virus, en créant des "lignées" et des sous-lignées lorsque des mutations ayant des conséquences importantes apparaissent.
A l'origine deux lignées A et B. Il pourra apparaître des lignées C,D... dans l'avenir.
On a vu apparaître des sous lignées (B1,B2,B3, B4, B5 ..) et des variants de celles-ci : B1, puis B1.1, B1.1.1 etc... On peut aussi avoir des mélanges BA1, BA2...

 Les variants qui sévissent actuellement.

      On peut considérer que ce sont toujours des omicrons. 
      Dans la classification Pango,  en France, la première vague Omicron a été causée par une lignée BA1, puis de septembre 2021 à mars 2022 les virus ont été des BA2. En décembre 2021 deux nouvelles lignées sont apparues BA4 et BA5, qui ont été détectées en France en mai et sont maintenant devenues majoritaires. Le BA5 va prendre le pas.
       Ces deux variants possèdent la mutation , qui facilite la contamination L452R (mais elle était déjà présente dans le variant delta, mais absente des BA1 et BA2), et fait nouveau, la mutation F486V qui favorise l'évasion à l'immunité. Ces variants sont donc nettement plus contagieux que BA1 et BA2, bien que peu différents au plan génétique.
      On peut penser que ces mutation se produisent par hasard, mais que leur probabilité est d'autant plus grande que le virus se réplique, donc qu'il circule. Donc à chaque vague, la probabilité de mutation et de nouveaux variants augmente.

     Nous sommes face à une nouvelle vague, puisque le nombre de contaminations oscille actuellement entre 100 000 et 200 000 par jour.
     Certes on peut dire qu'une des raisons est la contagiosité du virus et le "vieillissement" de nos vaccinations.
    Mais je pense que le relâchement de la population y est aussi pour beaucoup.
    Quand le gouvernement a levé les contraintes, pendant un mois les trois quart des personnes, dans les magasins ou les transports autour de chez moi, gardaient le masque. Puis l'habitude a disparu et actuellement moins de 10% des personnes gardent le masque en espace clos.
    Alors que le virus circule énormément, c'est prendre un risque inutile, car il suffit de quelques personnes qui ont le covid, sont asymptomatiques ou ne le savent pas encore, mais elles sont contagieuses et, dans un espace fermé, elle envoient dans l'air des aérosols contaminés qui stagnent.
    Avoir un masque en arrête une grande partie, et la dose que vous risquez de recevoir est très faible, et, si vous êtes vacciné, le virus sera probablement éliminé ou vous n'aurez qu'une réaction mineure.
    Avec les variants BA4 et surtout BA5 très contaminants, le relâchement complet de la population vis à vis des gestes barrière, entraine une vague importante de contamination.
   Je ne comprends pas que le gouvernement n'ait pas imposé à nouveau le masque dans les transports et les lieux clos où il y a beaucoup de monde.

   Enfin, pour terminer par quelque chose de plus amusant une petite histoire personnelle.    
   Une de mes petites filles et son mari, ne se sentant pas très bien ont fait un test, qui s'est avéré positif. 
Ils se demandaient lequel des deux avait attrapé le virus et avait contaminé l'autre.
   Le hasard les a mis d'accord : l'un avait le virus BA4 et l'autre le BA5. Chacun avait attrapé le virus, sur son lieu de travail ou dans les transports.!

La liste des acides aminés, les lettres les représentant et les codons qui régissent leurs synthèse;.

STOP n'est pas un acide aminé; c'est un codon qui stoppe la lecture d'une séquence d'ADN ou d'ARN, lors de l'expression d'un gène ou d'un morceau d'ARNm.