La mutation du coronavirus anglais fait la une des journaux et des journaux télévisés, surtout depuis que l’on a décelé l’existence de personnes contaminées en France, dont certaines n’avaient pas été en contact avec des ressortissants anglais, de telle sorte que cela montre que le virus muté circule entre français.
          Alors tout le monde s’inquiète, le gouvernement parce qu’il craint une troisième vague, et la population parce qu’elle ne sait guère quelle tête a ce virus.
          Un correspondant m’a demandé d’expliquer ces mutations. Je vais essayer de le faire le plus simplement possible, mais ce n’est pas si facile.

           Vous savez qu’un virus pénètre dans nos cellules grâce à des protéines qui lui permettent de franchir leur paroi, puis y dépose son ADN ou, comme le coronavirus, son ARN, qui se duplique dans « l’usine cellulaire » (les ribosomes),  Plusieurs virus sortent alors de la cellule infectée, qui en général meurt, et l’infection se propage ainsi.
          Dans le cas du coronavirus 19 la protéine qui permet au virus d’entrer dans les cellule est situées sur les « pointes » externes du virus et s’appelle la protéine S (Spike).

           Si vous consultez mes articles sur l’ADN et l’ARN, (28/11/2016), vous avez lu que ceux-ci sont constitués de deux chaines hélicoïdales formées de sucres phosphatés (les désoxyriboses), reliées entre elles par des bases azotées.

           Ces bases sont seulement 5, les 4 premières dans l’ADN :

C : cytosine

 G : guanine

 T : thymine

 A : adénine

 U : uracyle qui remplace la thymine dans les ARN.

qui forment, liées deux par deux, comme des « barreaux d’échelle », entre les deux chaines hélicoïdales. De plus  la guanine et la cytosine sont toujours associées, de même que la thymine et l’adénine. (ou adénine et uracyle dans l’ARN), dans les barreaux de l’échelle.
          La succession de ces bases 4 bases est le support de l’hérédité des cellules et donc des êtres vivants.

           Une mutation c’est le changement permanent à un endroit donné d’une base par une autre, qui peut se produire en raison des facteurs environnementaux (rayonnement UV), ou en raison d'une erreur pendant le procédé de réplication de l’ADN ou l’ARN. Cela modifie en général la production des acides aminés, qui forment ensuite protéines au niveau de la cellule qui contient cet ADN, ou cet ARN. Cela peut ne pas avoir de conséquences comme avoir des conséquences non-négligeables.
          Entre l’ADN (ou l’ARN), et la protéine, il y a d’abord production d’acides aminés qui sont seulement 20 et dont la production dépend de 61 groupes de successions de 3 des bases aminées, groupes de 3 bases successives, que l’on appelle des « codons ». Par exemple  l’acide aspartique, (noté Asp ou D) est associé aux codons GAC ou GAU et la glycine aux codons GGU, GGC,GGA et GGG

          Il y a déjà eu de très nombreuses mutations dont une une mutation importante du coronavirus. 
          Rien d’anormal : Le SARS-CoV-2 mute en permanence, comme le font tous les virus ARN. Et, fatalement, plus ce pathogène se diffuse au sein de la population mondiale, plus les chances d’évoluer se multiplient. Selon le British Medical Journal, plusieurs milliers de mutations sont déjà apparues, mais seule une très petite minorité est susceptible d'être importante et de modifier le virus de manière appréciable. 

            Je vais vous donner un exemple simple d’une mutation importante. La protéine S du virus a subi une mutation génétique de son ARN qui est codée D614G.
          Cela veut dire qu’en position 614 de son ARN le codon GAU qui code la fabrication d’acide aspartique a été remplacé par le codon GGU qui régit la fabrication de la glycine., c’est à dire que la mutation est le remplacement  de l’adénine par la guanine en position 614 de l’ARN de la protéine S

     Acide aspartique
               <-------

              Glycine
                 ------>
 

         En fait on ne sait pas, sur le moment.quelles seront les conséquence d’une telle mutation. On les constate par la suite.
          Tout au plus peut on penser que la Glycine étant plus active que l’acide aspartique (avec des propriétés polaires différentes) la mutation peut être importante

  
       Cette mutation, qui a eu lieu au début de la pandémie s’est avérée importante, le nouveau virus étant plus contaminant, donc provoquant plus facilement des infections plus importantes et donc souvent plus graves, bien que le nouveau virus ne se soit pas montré beaucoup plus dangereux. que le précédent..
On a constaté que ce virus, très infectieux a peu à peu remplacé le virus précédent comme ke montre le graphique ci contre. 

Que s’est il passé pour le « coronavirus anglais » ?

           C’est plus compliqué car cette nouvelle variante du coronavirus comporte un nombre de mutations inhabituellement élevé : 17 mutations et changements dans le génome dont 8 au sein de la protéine Spike (S). Elle a reçu le nom de code de B 11.7
          Deux des mutations de la protéine S, N501Y  et P681H avaient déjà été trouvées sur des coronavirus mais séparément. Elles correspondent au remplacement en 501 du codon AAU de l’asparagine N par celui UAU de la tyrosine Y et au remplacement en 681 du codon CCU de la proline P par celui CAU de l’histidine H.
           En ce qui concerne les bases primaires azotées, cela correspond au remplacement en 501 de l'adénine A par l'Uracyle U et en position 681 de la cytosine C par l'Adénine A.
          Chacune de ces mutations séparées avaient entrainé une contagiosité plus grande du virus. Alors les chercheurs craignaient que l’association des deux mutations ait pour conséquence une très grande pouvoir contaminant.
          Cette prévision s’est malheureusement révélée exacte puisque le virus anglais est au moins 50% plus contagieux que le précédent virus. Il ne semble toutefois pas provoquer un plus grand nombre de maladies graves. Il semblerait que cette nouvelle souche contamine plus facilement le enfants, en pénétrant plus facilement dans les cellules des narines. Mais cela n'est pas certain car on a probablement sous-estimé les enfants contaminés par la souche actuelle, compte tenu du nombre limité de contrôles PCR sur les enfants et le fait qu'ils soient souvent asymptomatiques.
          En fait, on connait encore mal cette variante récente.
          Les autres mutations semblent avoir moins d'influence sur le comportement du virus.

           Les vaccins actuels restent efficaces contre ce virus, car ces vaccins produisent des anticorps ciblant de nombreuses régions de la protéine S, il est donc peu probable qu’un nombre faible changements rende le vaccin moins efficace.