Maintenant que nous avons vu les mécanismes généraux du contrôle de notre survie par notre cerveau, nous allons examiner succinctement le rôle des centres nerveux du cerveau central.
           Ce cerveau central est constitué essentiellement par deux ensembles de centres, représentés sur l'image ci dessous :
    - L'hypothalamus qui a un rôle extrèmement complexe et qui pourtant ne pèse que 4 grammes environ (ce qui représente tout de même 400 millions de neurones !). Il est vraiment au centre du cerveau.
    - Au dessous de lui, dans le prolongement de la moelle épinière, un ensemble : mésencéphale, tronc cérébral, bulbe rachidien.

          L'hypothalamus est relié à pratiquement toutes les autres zones du cerveau, et reçoit de plus, des messages nerveux en provenance des différentes régions de l'organisme (voir le schéma du précédent article sur le système nerveux végétatif).
         Grâce à la relation étroite qu'il possède avec l'ensemble du corps, l'hypothalamus contrôle les fonctions comme la quantité de lumière entrant dans nos yeux, la soif, la faim, la régulation de la température interne (par frissons et transpiration), les fonctions respiratoires et cardiaques (rythme cardiaque et constriction des vaisseaux sanguins), la digestion et les excrétions, les activités sexuelles.....
         Les connexions qui existent entre l'hypothalamus, le cortex cérébral (qui réfléchit et raisonne) et le cerveau émotionnel (les émotions pouvant agir sur le fonctionnement des différents viscères) permettent à l'hypotalamus d'influencer les parties du cerveau responsables des changements d'émotions et d'humeur.
        En fait il existe de très nombreuses connexions internes à l'hypothalamus et plusieurs centres collaborent souvent pour une même fonction. 
        Mais certains centres sont des “passages obligés” pour certaines fonctions que l'on a notées en bleu sur l'image, les flèches indiquant la partie de l'hypothalamus concernée.

        Le mésencéphale et  le tronc cérébral collaborent avec l'hypothalamus pour régler nos cycles de sommeil et d'éveil et pendant l'éveil ils collaborent avec le cerveau émotionnel et le cortex, pour maintenir notre attention et notre concentration.
        Le tronc cérébral comporte en particulier des groupes de neurones qui sont de vrais “oscillateurs” qui envoient dans les circuits du cerveau un signal nerveux de fréquence différente selon notre état : 40 hertz (impulsions par seconde) quand nous somme réveillés et attentifs, environ 9 hertz lorsque nous sommes en sommeil profond, et autour de 30 hertz quand nous sommes endormis mais que nous rêvons, et cela montre l'activité cérébrale importante proche de l'éveil qui existe lors d'un rêve.
        Ces signaux et des neurotransmetteurs appropriés maintiennent ainsi nos facultés en alerte lorsque nous sommes éveilles. Ce sont eux qui permettent au thalamus (qui fait partie du système émotionnel), de consulter 40 fois par seconde tous nos organes sensitifs, et de transmettre donc les informations de perception aux centres du cerveau capable de les interpréter.
        L'hypothalamus , le mésencéphale et le tronc cérébral collaborent pour créer ce que l'on appelle les “rythmes circadiens”, qui sont ceux de notre “horloge biologique interne”, et qui, lorsque nous n'avons pas l'alternance jours-nuits (par exemple dans une caverne), sont un peu supérieurs à 24 heures. Ce sont eux qui nous donnent ainsi faim, sommeil, à des heures régulières, ou nous permettent de dire approximativement l'heure sans consulter notre montre.

        Enfin l'hypothalamus commande directement une glande “endocrine” l'hypophyse, laquelle est le chef d'orchestre de toutes les autres glandes endocrines.
 car elle sert d'agent de liaison entre le système nerveux et le système hormonal.     
        Les glandes endocrines contrôlent les fonctions de l'organisme par l'intermédiaire de substances chimiques appelées hormones, qui sont libérées dans la circulation générale. Les hormones agissent comme des messagers chimiques qui voyagent dans tout le corps grâce à la circulation sanguine. 
        Les différents organes du système endocrinien sont situés dans des régions parfois très éloignées de l'organisme. L'hypophyse est dans la boîte crânienne, la thyroïde dans le cou, le thymus dans le thorax, les glandes surrénales et le pancréas dans l'abdomen, les ovaires et les testicules dans le bassin. Les hormones qu'elles libèrent régulent les pulsions et émotions fondamentales, comme les pulsions sexuelles, la violence, la colère, la peur, la joie le chagrin et le stress. Elles stimulent également la croissance et l'identité sexuelle, contrôlent la température corporelle, contribuent à la réparation des tissus lésés et aident à générer de l'énergie. 
        L'hypophyse produit plusieurs hormones qui servent à réguler les autres glandes endocrines, mais aussi la rétention d'eau par les reins. Une autre déclenche les contractions de l'utérus pendant l'accouchement, et stimule ensuite la production de lait par les glandes mammaires. L'une des hormones pituitaires les plus importantes est l'hormone de croissance, qui contrôle la croissance des jeunes organismes.
        L'hypophyse fait enfin produire par les glandes surrénales le cortisol qui est une hormone stéroïde, libérée dans l'organisme en réponse à un stress physique ou psychologique. La sécrétion de cortisol déclenche divers processus générateurs d'énergie qui ont pour but de fournir au cerveau un apport en énergie suffisant pour préparer la personne à faire face aux agents de stress et à ses causes. 
        Outre cette fonction d'hormone " du stress ", le cortisol joue un rôle déterminant dans la presque totalité des systèmes physiologiques, intervenant notamment dans la régulation de la tension artérielle, de la fonction cardio vasculaire, du métabolisme des sucres et graisses et de la fonction immunitaire.

        On voit donc que l'hypothalamus est le centre de notre cerveau qui régule notre vie physiologique, à la fois sur le plan nerveux et chimique, tandis que le bulbe et le tronc cérébral sont les métronomes du temps biologique, du sommeil et de l'éveil, et du rythme de nos sensations.