Si l’avancée importante du siècle dernier en matière de médecine, était la découverte des antibiotiques, ce siècle verra un développement considérable des études génétiques des bactéries et virus, et de nombreuses applications thérapeutiques.

    Nous avons plus de 100 milliards de bactéries dans notre intestin, (de l’ordre de un kilo principalement dans le colon) et les modifications de cette flore influent sur notre santé.
    La colonisation de l’intestin du fœtus par les bactéries commence, dans les conditions normales, au moment de la rupture des membranes et surtout lors de l'accouchement par voie naturelle, et les enfants nés par césarienne ont un microbiote différent de ceux nés par voie naturelle. Ce microbiote se constitue ensuite au cours des premières années de vie de l’enfant.
    Bien que la flore intestinale soit constituée principalement par deux grandes familles de bactéries, bien qu’il y ait au total une centaine d’espèces, elle est unique pour chaque individu et différente d’une personne à une autre. Elle constitue ainsi, une véritable empreinte génétique et il est très important de la préserver, car notre flore intestinale doit rester en équilibre pour que nous restions en bonne santé.
    99% de ces bactéries sont anaérobies (vivent sans oxygène); les 1% restant sont aérobies. La principale difficulté des études concerne l’expérimentation sur ces bactéries intestinales puisque 80 % du microbiote n'est pas cultivable in vitro (la plupart meurt très vite en présence d'oxygène).
    Nos bactéries constituent en particulier une barrière contre d’autres bactéries pathogènes dont elles empêchent le développement, et certaines maladies gastro-intestinales s’accompagnent d’anomalie de notre flore (comme par exemple pour la maladie de Crohn et le cancer du colon).
    Des facteurs comme l’alimentation, les antibiotiques, mais aussi le stress, peuvent influer sur l'équilibre de la flore intestinale et en cas de déséquilibre, des désordres digestifs peuvent survenir.
    En effet notre flore complète notre système digestif en achevant la digestion des aliments par un processus de fermentation des glucides dans le colon droit et de putréfaction des protéines dans le colon gauche.
    Par ailleurs elle permet une bonne assimilation des nutriments essentiels.

    En 2004, une équipe américaine de J. Gordon a montré que l’obésité s’accompagnait de modifications de cette flore, qui probablement favorisait cette maladie.
    L’Inserm a  montré il y a une dizaine d'années, que des anomalies de prolifération d’Eschericia coli, étaient non seulement à l’origine de troubles intestinaux graves, mais qu’elles pouvaient également être en partie responsables certains troubles de comportement alimentaire tels que boulimie, anorexie…, cette bactérie produisant une protéine qui est analogue aux enzymes qui influent sur la satiété, provoquant des réactions du système immunitaires qui vont perturber l’alimentation.
    Une équipe de l’INRA a également montré que des bactéries pouvaient être à l’origine de la cirrhose et du cancer du foie.
    Des études animales ont même montré que la sclérose en plaques pouvait être favorisée par des modifications de la flore intestinale.
    Il semble même que ces bactéries intestinales puissent être à l’origine de l’expression de certains gênes, donc de la synthèses de certaines protéines. Une étude suédoise semble montrer également que certains gênes peuvent influencer le microbiote, ce qui pourrait être le cas de certaines maladies de Crohn.(une maladie de l'intestin qui se traduit par des attaques des parois intestinales et conduit à des opérations)

    En fait il existe des « microbiotes " de nos divers organes : peau, organes génitaux, aisselle et   Ce sont les populations de microorganismes qui vivent en équilibre biologique avec notre corps à ces endroits, en fonction de l’environnement extérieur, de l’acidité ou basicité du lieu (ph), et des conditions d’hygiène.

    Une collaboration internationale pilotée par l’Inra et impliquant des équipes du CEA, du CNRS et de l’Université d’Evry, a mis au point une méthode pour l’analyse du génome global, ou « métagénome » du microbiote intestinal., qui permet de réduire considérablement la quantité d’éléments à analyser, avec des résultats encore plus précis et plus rapides à obtenir. Les chercheurs ont ainsi pu reconstituer le génome complet de 238 bactéries intestinales dont 75% étaient jusqu’alors inconnues.
    Les chercheurs ont analysé les interactions entre les divers organismes présents et en particulier la dépendance des bactériophage qui ont besoin de la présence de bactéries pour vivre.
    Le génome des bactéries de notre intestin est composé d’environ 4 millions de gênes soit 150 fois plus que le génome humain.
    Certaines personnes (un tiers environ), présentent des diversités faibles de génome microbiotique, alors que les deux autres tiers ont un génome très diversifié. Chez les européens on trouve trois grandes sortes de génomes correspondant à des genres bactériens prévalents différents.

    Je savais certes l’importance de notre flore intestinale sur notre santé, mais je ne connaissais peu les résultats des études sur le génome, que j’ai découvert dans mes lectures. Je pense que grâce à elles  la thérapeutique de certaines maladies et leur prévention vont faire de grands progrès.

    J’ai également été frappé par le fait que des conditions hygiéniques trop strictes dans l’enfance, exposeraient à des maladies à l'âge adulte (notamment allergies). Au final, un peu de crasse ne peut pas de faire de mal à votre enfant…