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L'hydrogène naturel, également qualifié d'hydrogène « natif » ou hydrogène « blanc », désigne le dihydrogène présent dans le sous-sol terrestre ou marin.
Le seul puits en production est au Mali, à Bourakebougou,
On assiste à un essor actuel de la prospection dans le monde : la Chine a réalisé des forages fin 2025 avec PetroChina, aux USA on peut avoir un permis d'exploration du sous-sol en une semaine alors qu'il faut deux ans en France, et une quarantaine de compagnies ont vu le jour. Des forages sont en cours au Canada et l’Australie a finalisé sa loi de prospection de l’hydrogène. La Colombie, le Brésil et l’Uruguay rassemblent des données sur le sous-sol, en Amérique du Sud. En Afrique, des accords d'exploration sont conclus notamment en Afrique du Sud et au Maroc.
Les quantités disponibles d’hydrogène ne sont pas encore évaluées Aucun gazoduc ne sera construit en cas de petites quantités d'hydrogène naturel. Une consommation locale via la production d'électricité ou une usine d'engrais peut être plus adaptée.
En France des permis ont été accordés dans les Pyrénées, vers Pau et dans les Landes, vers Toulouse et en Lorraine.
Dans les Pyrénées ce sont de petites sociétés qui font une acquisition de données sismiques pour voir les structures, puis décideront où on fore, et demanderont l'autorisation de forage.
En Lorraine, la Française des Energies a analysé de l’hydrogène dissous dans l’eau de forages et est optimiste quant à l’étendue du gisement. Un deuxième puits est en cours de forage, qui devrait atteindre 4 000 m de profondeur.
Le coût estimé en production est encore incertain mais semble compétitif par rapport aux productions actuelles d’hydrogène, mais ils dépendent de la profondeur des forages et surtout du débit des puits/.
Mais les forages sont deux fois plus chers en France qu’aux USA.
L’Europe n’est pas très préoccupée par la production d’hydrogène naturel. En dehors de la France, seuls la Pologne, le Kosovo, l'Albanie, et l’Espagne, s’y intéressent.
L’exploitation des puits de production d’hydrogène devrait avoir lieu d’ici 5 ans environ.
Les principaux éléments de cet article proviennent d'un article de ma revue « Connaissance des Energies », qui avait interrogé une spécialiste du problème, Isabelle Moretti, qui enseigne à l’Université de Pau.